Juan de Goyeneche y Gastón nació en Arizcun, lugar del Valle de Baztán, en el Reino de Navarra, a principios de octubre de 1656, siendo bautizado el 12 del mismo mes. Sus padres, los Señores de Goyenechea (Casa de Goyeneche), lo envían a temprana edad al Colegio Imperial de los Jesuitas, en la Corte, destacando brillantemente en sus estudios.

Allí se relaciona con familias aristocráticas e intelectuales, lo que, unido a su inteligencia, le proporciona un lugar de privilegio en la Corte de Carlos II.

Escribe en 1685 la "Executoria de la Nobleza, Antigüedad y Blasones del Valle de Baztán", en homenaje al Valle de su niñez, con capital en Elizondo, que agrupa quince lugares hermanados, con casas solariegas y edificios monumentales. La hidalguía de los baztaneses fue confirmada en 1441 por el Príncipe de Viana, título que hoy ostenta S.A.R. la Príncesa de Asturias, Doña Leonor de Borbón, heredera de la Corona de España.

En 1697 adquiere el privilegio de imprimir la Gaceta de Madrid, convirtiéndose en el primer empresario periodístico de España. Mantiene tan buena reputación que Carlos II le confía la administración de sus gastos y la Tesorería de las Milicias Reales.

Por su capacidad y prudencia es nombrado sucesivamente Tesorero de las Reinas Mariana de Neoburgo, esposa de Carlos II, María Luisa de Saboya e Isabel de Farnesio, esposas de Felipe V, transmitiendo este cargo a sus descendientes.

Es también impulsor de una serie de industrias que tratan de evitar la dependencia exterior de la economía española de época. Asentista de la marina, suministra maderas de los Pirineos a los astilleros e instala fábricas de cables, cordeles, jarcias, breas y alquitrán, para la construcción de grandes naves.

En la Guerra de Sucesión, como armador, su aportación de más de 80 mástiles para la defensa de Cádiz en 1702, logra el rechazo de la flota inglesa, en el momento más determinante de la contienda. Gracias a la influencia de Goyeneche se pudo realizar el traslado de los ejércitos borbónicos entre Francia y España a través de la frontera navarra, lo que supuso un factor importante para decantar la victoria de Felipe V.

Erige en Olmeda de las Fuentes una fábrica con 32 telares, que empleaba a 800 personas, y acomete su obra cumbre, la creación de Nuevo Baztán como unidad urbanística, con un complejo industrial ordenado en torno al Palacio y la Iglesia, junto a explotaciones agrícolas. Instala fábricas de sombreros, textiles, de vidrios finos, de jabones, de cererías, de confituras, destilerías de aguardiente y colonias y taller de zapatería. Y para que funcione todo crea una escuela de aprendizaje.

Construye un Mesón para albergue de los viajeros, suministradores y clientes. Mejora las comunicaciones y establece en Nuevo Baztán hospital, médico, cirujano y boticario, dotando a la Iglesia de Sacerdote y Sacristán, que han de enseñar a los adolescentes.

En Madrid deja también importante huella con la edificación del Palacio Goyeneche, obra de Churriguera, en la calle de Alcalá, hoy sede de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando. Su apoderado principal y sobrino, Juan Francisco de Goyeneche, Marqués de Ugena, legó a los descendientes de su tío el Palacio de la Calle Huertas, hasta fecha reciente sede de la Cámara de Comercio de Madrid.

En el año 1684, como muestra de su religiosidad, es cofundador de la Real Congregación de San Fermín de los Navarros, en cuya Junta acepta el cargo de Celador de Pobres. Su citado sobrino y sus hijos fueron Prefectos de la Real Congregación, prefectura que posteriormente asumieron los Reyes de España.

Tuvo el Señor de Nuevo Baztán -no quiso títulos nobiliarios ni honores- el raro mérito de ser el hombre de confianza del último Austria y del primer Borbón español, al que apoyó financieramente, arriesgando su patrimonio en la Guerra de Sucesión. Apostó por los Borbones porque consideró que su patria necesitaba una modernización.

Murió cristianamente en su lugar de Nuevo Baztán el 12 de abril de 1735, siendo enterrado en la cripta de la Iglesia de San Francisco Javier, debajo de la cúpula central.

Como colofón a la categoría de Goyeneche sirvan las palabras de Felipe V a su confesor: "Si tuviera dos vasallos como Goyeneche, pondría muy brevemente a España en estado de no depender de los extranjeros, antes reduciría a éstos a depender de España".